Яндекс не будет банить сайт за VK message. Сайт просто начнет сползать в выдаче вниз. Это называется пессимизацией. Все из-за того, что всплывающая реклама сильно влияет на поведенческие факторы. Что это значит?
Пользователь, вместо того, чтобы ходить по сайту, нажимает на эту VK рекламу и, из-за этого, уходит с сайта. Соответственно, время пребывания на сайте уменьшается. Если таких "уходов" посетителей много, для Яндекса это показатель, что сайт не столь интересный, если люди с него так быстро уходят. (это один из факторов)
Что же делать, если все-таки хочется показывать VK message? Как вариант, показывать его пользователю через, скажем, 30 секунд пребывания на сайте, или после просмотра 2-х и более страниц.
А в целом, если у вас сайт направлен на бизнес, инвестирование и прочее, то любую рекламу от сторонних сервисов (в том числе от Google, Yandex и т.д.) лучше не показывать. Зачем вам дарить ваших потенциальных партнеров, рефов, клиентов конкурентам?