На Lykke ввод фиата (даже с банковской карты) без комиссии. Но мне после ввода 10 000 долларов там просто отказали в обслуживании. Понятно, что в реальности владельцам торговой площадки невыгодно оплачивать комиссию платёжных систем самостоятельно.
Coinsbank и Quoinex не берут комиссию при пополнении банковским переводом. Coinsbank раньше ещё и при пополнении через OKpay комиссию не брал, и можно было очень выгодно эту площадку использовать как транзитную для ввода денег на BTC-E или ещё куда-нибудь. Но, видимо, чересчур многие этим пользовались, и в итоге сначала Coinsbank ввёл ограничение на ввод (1000 долларов в сутки), а потом поставил комиссию 0.5%.
Могу сделать вывод, что нераскрученные торговые площадки могут устанавливать нулевую комиссию для привлечения клиентов. Но ненадолго. Как только клиенты начинают этим всерьёз пользоваться в личных целях, биржам это становится слишком накладно.