Комисии растут вместе с числом способов ввода-вывода. Разные платежки отличаются своей ликвидностью. Например, $1 Payeer < $1 Webmoney.
Т.к. клиент волен для пополнения и снятия использовать разные способы, то возникает необходимость введения "запирающих" комиссий, препятствующих опустошению резервов каждой из ПС.
Минимальная комиссия может быть связана со стоимостью внутренних переводов и обналички.
Дополнителье комиссии возникают, если используются, кроме разных ПС, еще и разные валюты. Нестабильность курса рубля агрегаторы платежей, на которых лежат конверсионные операции, стараются компенсировать за счет клиентов.
Поэтому, стабильно работать с множеством ПС и не иметь комиссий не получится.
Но уже сейчас из-за конкуренции новые ПС не берут комисии за внутренние переводы, а пополнение-снятие упрощаются и дешевеют из-за растущего рынка и развития интернет технологий (профит ~ комисия х число клиентов).
В какой-то момент ПС с высокими издержками использования заместятся на более экономные версии. Биржи в след за этим смогут удешевить/упростить ввод-вывод средств.
А пока самым экономичным способом ввода фиата остается хорошо знакомый человек, желающий этот самый фиат вывести.