Я как раз использую авторизацию при помощи E-NUM, но что-то не припомню, чтобы после перехода на эту схему у меня Кипер запрашивал файл ключей. Значит всё-таки ключи не загрузились на E-NUM.
А вот то, что касается авторизации и с компа и с E-NUM одновременно, у меня было такое. В этом случае нужно на компе найти второй файл ключей и удалить его, это также в рамках безопасности, а то не будет смысла в переходе на E-NUM-авторизацию. В поиске вбиваете расширение второго файла ключей .init и отмечаете в дополнительных параметрах "Поиск в скрытых файлах и папках". Потом удалите этот файл, можете его сохранить на флешку, но это не обязательно.
А вот теперь я не пойму почему у вас авторизация и с компа и через E-NUM с требованием файла ключей на флешке. Ведь если у вас есть файл .init, то не должно требоваться файла ключей на вашей флешке, а если .init уже удалён, то должна быть авторизация только через E-NUM.