Я всегда свежие сайты или сателлиты прогоняю по каталогам, никогда никаких АГС я от этого не получал, только +++ к позициям(также + к PR и в оОчень в редких случаях ТИЦ) как и в гугле так и в яндексе, конечно же в гугле прогон по каталогам более эффективен.что прогон молодого сайта по куче каталогов может в дальнейшем стать одним из факторов, совокупность которых приведет к АГС.
Вредят каталоги только в одном единственном случаи: это размещение на длительное время скрипта обратных ссылок.