По результатам проверки Счётной палаты выяснилось, что работа ФСИН РФ на протяжении 2010-2012 годов работала с многочисленными нарушениями, в результате чего был причинён значительный ущерб бюджету страны. В частности, преференции, полученные Службой по заключению государственных контрактов, не способствовали экономии и повышению эффективности расходования бюджетных средств.
В частности, часть строительных контрактов ФСИН заключила без предварительного проведения торгов. Субподрядчиками по ним выступали коммерческие организации, не входящие в состав службы. В результате 55% бюджетных средств (или 7.1 млрд. рублей), выделенных государственным строительным предприятиям, было израсходовано на оплату услуг сторонних организаций, при этом более 250 млн. рублей получили строительные ФГУП Службы исполнения наказаний в качестве вознаграждения за посреднические услуги, выступая при этом в роли генподрядчиков.
Также аудиторы отметили низкую эффективность сельскохозяйственных фирм, находящихся в подчинении ФСИН. В 2010-2012 годах сырьё и ряд других товаров закупалась ими по завышенным ценам, в результате чего себестоимость продукции таких фирм увеличилась на 586 млн. рублей. Всего же неэффективный расход сельскохозяйственных предприятий ФСИН за указанный период составил 3.8 млрд. рублей.
Результаты проверки вызвали ещё больший резонанс на фоне недавнего скандала, возникшего по поводу оформления ФСИН госзаказа на покупку 170 планшетных компьютеров. Сообщается, что помимо собственно ФСИН и Минюста, отчёт будет направлен также в Федеральное собрание и Генпрокуратуру.