Один раз видел пример всплывающего окна, которой не бесил:
- оно было сбоку и не загораживало собой информацию и ссылки;
- не было четких визуальных границ окна (прозрачный фон и красивый дизайн);
- крестик, хоть и стилизованный, четко виден.
Остальное, конечно, раздражает.