Ответ: Поделитесь опытом
1. Система управления сайтом. Сейчас существует множество вариантов, из бесплатных реализовать интернет-магазин можно к примеру на jooml'e, но, я бы вам рекомендовал заказать полноценную cms'ку у специалистов - это позволит реализовать в ней весь основной функционал и заточить ее под ваши потребности, - что бы сделать ее максимально удобной и функциональной.
2. Юзабилити. Это ключевой момент, и советую уделить ему особое внимание, поскольку без этого превратить каждого зашедшего на сайт посетителя в покупателя будет весьма проблематично.
3. Каждый товар - отдельно оптимизированная под поисковики страница имеющая уникальный контент и уникальное описание в мета-тегах. Это позволит так же добиться определенного эффекта за счет внутренней оптимизации, и когда страниц будет больше 1000 - вы почувствуете эффект.
Вообще, рекомендую проанализировать этот - mobiguru.ru - сайт, он с точки зрения оптимизации и юзабилити выполнен на уровне и он вам поможет для себя выявить определенные ключевые моменты, которые ы сможете реализовать в собственном проекте.
Удачи.