4 августа 1994 года Сергей Мавроди был арестован по обвинению в сокрытии доходов от возглавляемой им фирмы АОЗТ "Инвест-Консалтинг".
Находясь в тюрьме, он зарегистрировался кандидатом в депутаты.
В сентябре он был выдвинут в качестве кандидата в депутаты Государственной думы на дополнительных выборах в Мытищинском районе Москвы, после чего был выпущен на свободу.
30 октября 1994 года Мавроди был избран депутатом российского парламента.
Став депутатом, Сергей Мавроди написал официальное заявление об отказе от депутатской зарплаты и всех депутатских привилегий: льгот, дачи, служебной машины. Сергей Пантелеевич никогда не скрывал, что
идёт в депутаты исключительно ради депутатской неприкосновенности.
С момента избрания депутатом Государственной Думы Мавроди не присутствовал ни на одном её заседании.
В самом начале конфликта с властями Мавроди официально, через прессу, пригрозил им всенародным референдумом, поставив вопрос о недоверии властям.
Необходимый миллион подписей Сергей Мавроди обещал собрать с 10 млн вкладчиков за неделю. В дальнейшем неоднократно приглашался в Кремль «для переговоров», но последовательно игнорировал все подобные приглашения.
Через год, 6 октября 1995 года, депутаты Госдумы досрочно прекратили его депутатские полномочия.
В 1995 году вновь баллотировался в Думу от "Партии народного капитала", выборы проиграл.
10 января 1996 года Центризбирком зарегистрировал уполномоченных представителей инициативной группы,
выдвинувшей Мавроди кандидатом в Президенты России 
, однако в дальнейшем забраковал значительную часть подписных листов в поддержку кандидата и в его регистрации отказал.
Более того,
против Мавроди было возбуждено даже уголовное дело о подделке подписных листов , которое, впрочем, было потом закрыто «за отсутствием состава преступления». Однако в выборах участвовать он уже не смог.
